La Oficina de País o el Departamento para proyectos regionales en la Sede del Banco tienen a su cargo supervisar el proyecto de acuerdo a las políticas y procedimientos establecidos por el BID. Los proyectos tienen normalmente una duración de entre dos y cuatro años.
Antes de comenzar la ejecución del proyecto es necesario firmar el convenio institucional del proyecto entre el BID/FOMIN y la agencia ejecutora. Típicamente el BID/FOMIN desembolsa un porcentaje que oscila entre el 5 y el 20 por ciento de la contribución total del FOMIN (fondo rotatorio) y previo cumplimiento de las condiciones sujetas al primer desembolso, tales como el establecimiento de la cuenta bancaria para los recursos del FOMIN, otorgar poderes de firma, la selección del director del proyecto y la entrega del Plan Operativo anual (POA), que son los más importantes.
Para el resto de desembolsos, es esencial la entrega previa de documentos como los informes de progreso, comprobantes de pago, y otras obligaciones a los que la agencia ejecutora se ha comprometido, según el acuerdo firmado con el BID/FOMIN.
La agencia ejecutora tiene la obligación de seguir las políticas y procedimientos del BID/FOMIN para la contratación de servicios y adquisición de bienes. Esto incluye la preparación de un plan de adquisiciones que debe ser actualizado periódicamente.