Considerado la joya del proyecto del Centro Histórico de Quito, el museo está ubicado en lo que fuera el Hospital San Juan de Dios, construido hace 434 años y completamente restaurado. Su variada colección incluye dioramas, esculturas coloniales, árboles de la Amazonia, un carruaje del siglo XIX y las grandes pailas usadas para cocinar en las haciendas. Los visitantes pueden recorrer también la exquisita capilla del hospital y ver un pabellón de convalecencia preservado como era hace cuatro siglos, con sus catres tendidos en nichos abovedados.

El museo fue inaugurado en agosto por el entonces alcalde de Quito y actual presidente de la nación, Jamil Mahuad, quien brindó todo su apoyo al museo y al proyecto del Centro Histórico. En su premura por completar el museo a tiempo, el personal y los albañiles trabajaron sin descanso. "Dormíamos aquí en bolsas de dormir", recuerda la directora del museo, Patricia von Buchwald. "La gente nos advirtió que aquí había fantasmas, pero nada nos iba a detener".

Desde que abrió sus puertas, el Museo de la Ciudad de Quito ha estado colmado de visitantes. La mitad de ellos son escolares que entran gratis y aprenden a sentirse orgullosos de su pasado quiteño.