Si bien los arrecifes de coral están desapareciendo a un ritmo alarmante, el medio ambiente marino alrededor de las Islas de la Bahía se mantiene básicamente prístino y el gobierno hondureño está decidido a mantenerlo así. En 1993 creó la Comisión de Desarrollo para la Islas de la Bahía y un año después el BID aprobó un proyecto para fortalecer la capacidad de la población local para manejar sus recursos y proveerles mejores servicios de sanidad ambiental.

Desde ese entonces, con el apoyo del programa de manejo ambiental, Honduras ha designado a las islas como área protegida y ha establecido una unidad ambiental permanente en Roatán con funcionarios gubernamentales y municipales que han recibido capacitación legal, técnica y administrativa. En el futuro se tratarán temas como el abastecimiento de agua, los sistemas de desechos sólidos y alcantarillado, el registro y censo de propiedad y la educación ambiental.